Universitas Indonesia (UI) adalah universitas terbesar dan tertua di Indonesia. Didirikan pada tanggal 2 Februari 1950, UI merupakan kelanjutan pendidikan tinggi yang telah dibentuk pada akhir abad 19 di bawah pemerintahan kolonial Belanda yang dimulai dengan pendidikan kedokteran. Pada awalnya UI mengadakan pendidikan sarjana untuk bidang Kedokteran, Hukum dan Ekonomi di kampus Salemba dan Rawamangun Jakarta. Kemudian Universitas Indonesia mengembangkan programnya dengan bidang Ilmu Pengetahuan Alam, Sastra, Sosiologi Politik, Teknik, Kesehatan Masyarakat, Psikologi dan Keperawatan. Sebagai universitas terbesar dan tertua, kampus UI telah menjadi pusat kegiatan mahasiswa dan reformasi politik. Pada saat yang sama jumlah mahasiswa dari Program Sarjana, Master dan Doktoral meningkat cepat. Pada tahun 1987 kampus baru seluas 312 hektar dibangun di Depok, 35 km kearah selatan kampus Salemba. Hal ini dilakukan untuk mengakomodasi pertumbuhan jumlah mahasiswa dan program-program yang ditawarkan ke masyarakat. UI tetap mempertahankan kampus Salemba sebagai lokasi kampus Kedokteran, Program Sarjana, dan untuk beberapa kantor. Hingga saat ini kampus yang sangat nyaman tersebut telah menjadi rumah bagi lebih dari 38.000 mahasiswa.
Fakultas Kesehatan Masyarakat terbentuk dengan adanya kerjasama UI dengan USAID yang memberikan gelar Master Kesehatan Masyarakat. Doktor Mochtar, Kepala Departemen Kesehatan Masyarakat dan Komunitas Kedokteran dari Fakultas Kedokteran yang membentuk FKM UI. Pada awalnya FKM UI hanya menawarkan Program Master Kesehatan Masyarakat, kemudian Diploma III (suatu program vokasi 3 tahunan setelah pendidikan SMA dalam berbagai bidang kesehatan). Untuk melengkapi bidang kesarjanaan di bidang Kesehatan Masyarakat pada tahun 1987 FKM UI memulai dengan menawarkan program Strata Sarjana Kesehatan Masyarakat untuk memenuhi syarat sebagai fakultas sesuai dengan Undang Undang Pendidikan di Indonesia. Dan selanjutnya sejak 1990 FKM UI menawarkan pendidikan Master di bidang Ilmu Kesehatan Masyarakat diikuti dengan dibukanya Program Studi Magister lainnya yakni Kajian Administrasi Rumah Sakit, Keselamatan dan Kesehatan Kerja, dan Epidemiologi. Di samping itu pada tahun yang sama FKM UI menawarkan tingkat Doktoral Ilmu Kesehatan Masyarakat dan Ilmu Epidemiologi.
Sejak tahun 2004 FKM UI telah menutup Program Diploma untuk memenuhi tuntutan visi universitas yang lebih mengedepankan riset dan menjadi universitas kelas dunia. Saat ini Program Diploma di tingkat universitas ditangani oleh Program vokasi.